阿坝州境内在宋熙宁年间（1068—1077年）编制土丁，推行“以夷治夷”政策。明、清之际沿袭前代旧制遍置土司，封授宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司及土千户、土百户等职。清乾隆十六年（1751年），杂谷土司苍旺恃势侵扰梭磨、卓克基土司领地。梭磨土司勒尔悟、卓克基土司良尔吉诉理番厅及四川总督。四川总督策楞、提督岳钟琪率松潘镇总兵马良柱前往查办，苍旺抗拒不服，继竟攻陷梭磨、卓克基所属寨落，调九子、龙窝兵据守维关。岳钟琪与策楞为防苍旺图维州，率马良柱统兵进剿，檄瓦寺土司随征杂谷。清军大兵压境，占隘夺险，断杂谷水道，106寨土民投降，俘大头人拖巴、忠中、沙加亚。清军夺还被占梭磨之地与勒尔悟。苍旺围攻卓克基愈急，四川总督发兵救援卓克基，并令梭磨土司随征，苍旺退守松岗。都司本进忠领兵追击，将苍旺围困，并断其水道，苍旺不支，乞降受缚。杂谷土司苍旺被诛，清廷于其地实行改土归流。设副将、理番同知各1员，驻兵1200名。副将驻扎杂谷脑。杂谷土司被诛，松岗投诚。梭磨土司之弟在梭磨、杂谷、卓克基地方颇得人心，授松岗长官司印。

乾隆四十一年（1776年），金川之役结束后，对两金川实行改土归流，于大金川设阿尔古厅，小金川设美诺厅。乾隆四十四年（1776年）裁阿尔古并入美诺，更名懋功屯务厅，辖懋功屯（今小金县）、抚边屯（今小金县属）、章谷屯（今丹巴县属）、绥靖屯（今金川县）、崇化屯（今金川县属）和鄂克什安抚司（今小金县属）、绰斯甲布宣抚司（今壤塘等县属）。清廷对随征金川有功的土司有的重新加封，有的升迁晋级。乾隆四十四年（1779年）瓦寺土司颁授安抚司印信号纸，嘉庆元年（1796年）升宣慰司。沃日安抚司以随征有功赏二品顶戴。梭磨土司于乾隆三十六年（1771年）赏宣慰司职。绰斯甲布安抚司于乾隆四十一年（1776年）升授宣抚司，松岗、党坝、卓克基各土司亦各有封赏。

宣统三年（1911年），赵尔丰在川边推行改土归流，檄令绰斯甲布土司呈缴印信号纸未果。民国20年（1931年），瓦寺土司随国民党28军征黑水死于维古，国民政府准其次子承袭土司职。